Преподобный Нил подвизался в XVI столетии. Он родился в семье крестьянина в небольшом селении Новгородской епархии. В 1505 году Нил принял постриг в обители преподобного Саввы Крыпецкого, близ Пскова, и стал его учеником.

Через десять лет подвигов в общежительном монастыре он удалился на реку Серемлю, недалеко от Осташкова. Там преподобный тринадцать лет проводил строгую аскетическую жизнь в непрерывной брани с бесовскими кознями, которые выражались в явлениях призраков – гадов и диких зверей. Многие жители из окрестных мест стали приходить к преподобному за наставлениями, он стал этим тяготиться и молил Бога указать ему место для подвига безмолвия.

Однажды после долгой молитвы он услышал голос: «Нил! Иди на озеро Селигер. Там на острове Столобенском ты можешь спастись!» От приходивших к нему людей преподобный узнал, где находится озеро, и, придя туда, был поражен его красотой: в середине озера – покрытый густым лесом остров. Там святой нашел небольшую гору и выкопал пещеру, а спустя некоторое время построил хижину, в которой и прожил 26 лет. Подвиги строгого постничества и безмолвия Нил сопровождал еще и другим, особенным подвигом: он никогда не ложился спать, а позволял себе лишь легкую дремоту, опираясь на крюки, вделанные в стену кельи.

Богоугодная жизнь преподобного много раз возбуждала зависть врага, который возбуждал злобу в местных жителях. Однажды кто-то поджег лес на острове, где стояла хижина преподобного, но пламя чудесным образом угасло. В другой раз в хижину ворвались грабители. Преподобный сказал им: «Все мое сокровище – в углу кельи». Там стояла икона Богоматери. Разбойники стали искать деньги и ослепли. Тогда в слезах раскаяния они стали молить святого о прощении. Известны и многие другие чудеса, совершенные преподобным. Он безмолвно отказывался от приношений, если совесть у приходивших была нечиста или они находились в нечистоте телесной.

В предчувствии кончины преподобный Нил приготовил себе гроб. А к самому времени его преставления, 7 декабря 1554 года, на остров прибыл игумен одного из близлежащих монастырей и приобщил подвижника Святых Таин. По уходе игумена преподобный Нил в последний раз совершил молитву, окадил святые иконы и келью и предал Господу бессмертную душу.

Через 40 лет после кончины святого на месте его подвигов были основаны церковь и монастырь. После большого пожара в этой обители над гробницей святого Нила был заложен новый каменный храм 27 мая 1667 года. Во время копания рвов для храма земля осыпалась, обнажив гроб, – таким образом были обретены нетленные и благоуханные мощи святого. По благословению митрополита Новгородского Питирима в этот день было установлено ежегодное празднование обретения святых мощей преподобного Нила. До нас дошли свидетельства о многочисленных чудесах, произошедших от этой святыни.

Святые мощи подвижника до 1920-х годов находились в Нило-Столобенской пустыни. Затем они попали в музей атеизма, который размещался в Вознесенском соборе Осташковского Знаменского монастыря. При возвращении этого собора Церкви в 1940-х годах мощи были обретены и находились там до середины 1990-х годов. Затем они были торжественно, при участии Патриарха Алексия II, перенесены в Богоявленский собор Нило-Столобенской пустыни, где находятся и поныне.